发生争议时规章制度与劳动合同两者内容有冲突时，法院采用的判案标准依据“劳动者请求”。

换句话说，劳动者想选择劳动合同时，劳动合同的效力就高于规章制度，如果劳动者选择使用规章制度时，规章制度的效力就高于劳动合同。

如果劳动者无请求适用标准时，人民法院可依据其他法律法规，或者依据法理来选择适用。 

当然，企业也可以主动采取一些应对措施，来预防和控制规章制度与劳动合同不一致的处理问题。

以下几种方式便常常被企业采用： 

1.直接约定规章制度作为劳动合同的附件。

比如，劳动合同最后一条可以表述为：“本企业员工手册作为劳动合同的一部分，与劳动合同同等有效。”

此时，企业内部规章制度即同劳动合同具有同等效力。 

2.在劳动合同中约定指引性条款。

企业可以在劳动合同中约定，“工资增长幅度以及奖金发放等，以企业员工手册的相应规定为准”。

这样，劳动合同的此部分内容全部参见作为附件的员工手册的规定，这样也可以避免两者之间发生冲突。 

3.依据规章制度及时变更劳动合同。规章制度在企业实际管理过程中往往会经常修改，此时可能会出现之前签订的劳动合同与修改后的规章制度不一致。

此时，企业需要及时变更劳动合同中的条款，这样也可以避免两者之间的冲突。